Межрайонная ИФНС России по крупнейшим налогоплательщикам по Омской области является территориальным органом Федеральной налоговой службы и входит в единую централизованную систему налоговых органов. Инспекция находится в непосредственном подчинении УФНС России по Омской области и подконтрольна ФНС России и УФНС России по Омской области.
Инспекция является территориальным органом, осуществляющим функции по контролю и надзору за соблюдением законодательства о налогах и сборах; за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в соответствующий бюджет налогов и сборов и др.
Штатная численность сотрудников инспекции составляет 123 чел.