ФГНУ «ГосНИОРХ» является государственной научной организацией, финансовое обеспечение которой осуществляется из средств федерального бюджета. Учреждение находится в ведении Федерального Агентства по рыболовству в соответствии с указом Президента РФ № 1274 от 24.09.2007 г.
В 2009 г. ФГНУ "ГосНИОРХ", один из старейших институтов рыбной отрасли России, отметил свое 95-летие. В течение всего периода своей деятельности он является ведущей научной организацией России, выполняющей комплексные наблюдения во внутренних водах Российской Федерации, включая внутренние воды Балтийского моря.
Структура и задачи научных исследований института, созданного в начале прошлого века, ориентированы на мониторинг водных экосистем с целью рационального использования, изучения и приумножения рыбных запасов.
Развитие гидротехнических и строительных работ в пределах бассейна Балтийского моря и европейской части РФ обусловило актуальность изучения воздействия хозяйственной деятельности человека на промысловые экосистемы. Составной частью современных исследований института стали комплексных наблюдения с целью оценки антропогенного воздействия и наносимого ущерба водным экосистемам, в состав которых входят гидробиологические, эколого-токсикологические, микробиологические наблюдения, позволяющие оценить степень загрязнения водных биоресурсов и среды их обитания.
К конце 2000-х годов институт в числе первых начал выполнять работы по оценке качества и безопасности водных биоресурсов и среды их обитания, - одного из приоритетных и перспективных направлений рыбохозяйственных исследований для обеспечения продовольственной безопасности страны.
В настоящее время в ФГНУ «ГосНИОРХ», в его 12 лабораториях и 9 региональных отделениях работает около 500 человек, в том числе более 220 научных сотрудников, 23 доктора наук и 93 кандидата наук.
