ФГУП КЦ «Атомбезопасность» создано в соответствии с приказом Минатома от 17 ноября 1992 г. № 472 по согласованию с Минобороны России (12 ГУ МО) в целях обеспечения выполнения Государственной целевой программы по разработке и оснащению системами безопасности и управления в защищенном исполнении объектов ядерно-оружейного комплекса Минатома и объектов Минобороны России.
В своей деятельности ФГУП КЦ «Атомбезопасность» использует новейшие разработки в области науки и техники, в том числе, в области криптографии и защиты информации.