Центр военно-патриотического и гражданского воспитания создан на основании приказа Председателя комитета образования от 20 августа 1999 года № 490а в связи с необходимостью формирования военно-патриотического и гражданского воспитания среди детей и подростков города Москвы, подготовки их к действиям в чрезвычайных и экстремальных условиях, укрепления физического здоровья.
В своей деятельности Центр руководствуется Конституцией Российской Федерации, законом Российской Федерации «Об образовании», «Типовым положением об образовательном учреждении дополнительного профессионального образования (повышения квалификации) специалистов», «Типовым положением об образовательном учреждении дополнительного образования детей», законодательством Российской Федерации и города Москвы, нормативными, правовыми актами органов управления образованием и Уставом Центра.
С 23 августа 1999 года к исполнению обязанностей директора Центра военно-патриотического и гражданского воспитания приступил генерал-полковник Акчурин Расим Сулейманович.